《超级机器人大战·原创世纪》的背景(⛏)是新西历，人类(🥂)正式开始进出宇宙2世纪，但因(🛩)为2次大(🎻)型陨石的坠下(💗)，人们的生活还是维持在21世纪初。到(🤸)了新西历179年，第3颗陨石(🦃)“流星3(メ(📞)テオ3)”坠落于南太平洋的マ(🐘)ーケサズ群岛海面。地球连邦政府经(🍁)过调查，发现是由人类未知的技术制(🎷)造的物(🏅)体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政(🦓)府组成了“EOT特别审(🚻)议会”和“EOTI机关”进行调查。然(🤹)后EOTI机关的代表比安博士发表(👶)了(❇)研究结果，表示(🐦)地球有被宇(⤵)宙以外的生命体侵略的(🌁)危机。从此，人型机(🐶)动兵器(🐫)：Personal Trooper的研究开始了。