《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式(⚫)开始(💣)进出宇宙2世(🎈)纪，但因为2次大型陨石的坠下，人(🚲)们的生活还是(🦈)维持在21世纪初。到了新西历(💗)179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落(🌵)于南太(🦉)平洋的マーケサ(👚)ズ(🙌)群岛海面。地球连(🖨)邦政(🈶)府经过调(🥏)查，发现(Ⓜ)是由人类未知的技术制造的物体，这种(🧠)地球以外的(👽)技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦(🐫)政府组(♓)成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然(🚲)后EOTI机关的代表比安博士发表了研(💘)究(👆)结果，表示地球有被宇(⚾)宙以(😅)外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。